RNA除了用來合成蛋白質(zhì)的遺傳密碼之外，還嵌入了第二層遺傳信息—即RNA高級(jí)結(jié)構(gòu)和序列基序。因此，揭示具有特定結(jié)構(gòu)和序列基序的新類型非編碼RNA（ncRNA）及其功能機(jī)制是理解細(xì)胞遺傳信息傳遞的核心任務(wù)之一。我們開發(fā)了RIP-PEN-seq等新技術(shù)測(cè)定人和小鼠中與15.5K蛋白互作的全長ncRNA分子，發(fā)現(xiàn)了具有規(guī)律性后向K-turn結(jié)構(gòu)基序的新類型的ncRNA分子—bktRNA。進(jìn)一步結(jié)合多學(xué)科交叉技術(shù)，發(fā)現(xiàn)新鑒定的bktRNA1基因能夠靶向剪接體里的U12基因，并對(duì)靶向基因進(jìn)行特定位置的甲基化修飾。此外，通過結(jié)合多種實(shí)驗(yàn)和計(jì)算分析發(fā)現(xiàn)bktRNA1的缺失導(dǎo)致剪接體的ZCRB1基因不能與U12基因互作，從而引起U12類型內(nèi)含子的剪接全局失調(diào)。這些結(jié)果表明由bktRNA1介導(dǎo)的靶向基因的甲基化修飾對(duì)U12型剪接體組裝和內(nèi)含子的加工是必不可少的。該研究通過開發(fā)多種新實(shí)驗(yàn)方法和計(jì)算機(jī)算法系統(tǒng)發(fā)現(xiàn)了具有三級(jí)K-turn結(jié)構(gòu)和序列基序的新類型bktRNA，揭示了由bktRNA、RNA甲基化修飾和RNA剪接體的相互作用（crosstalk）形成的新層次基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制。最近，我們還開發(fā)NAP-seq測(cè)序技術(shù)去鑒定各種長度的沒有帽子的RNA（noncapped RNA, napRNA），發(fā)現(xiàn)了多類新的結(jié)構(gòu)型ncRNA及成百上千起源于重復(fù)元件的新結(jié)構(gòu)型ncRNA。重要的是，我們發(fā)現(xiàn)一個(gè)box C/D-H/ACA嵌合分子DINAP與假尿嘧啶合成酶DKC1相互作用，通過維持DKC1蛋白的穩(wěn)定性來促進(jìn)細(xì)胞增殖。綜上，我們研究建立了發(fā)現(xiàn)具有潛在調(diào)控功能的各種長度結(jié)構(gòu)型非編碼RNA的方法和研究范式。